1.管理委员会
管理委员会成员由学校、企业两方负责人共同组成，负责审议工程中心的发展规划，监督和审查财务预决算及其收益方案，协调各建设成员单位及相关合作单位之间的关系。
2.技术委员会
由国内同行业科技界、企业界权威知名人士，以及依托单位主要工程技术骨干组成。其主要职责是：制定工程中心的发展规划，审议工程技术研究开发工作计划、评价工程设计试验方案，提供技术经济咨询及市场信息等。
3、技术研发部
3.1、物理气相沉积涂层技术的关键工艺开发研究室
包括智能制造涂层技术应用研究、航空航天涂层技术应用研究、医疗器械物理气相沉积涂层技术应用研究和绿色制造涂层技术应用研究四个研究方向。
3.2、表面技术相关装备国产化研究研究室
开展物理气相沉积设备的国产化研究，完成涂层生产设备的设计和制造，为企业大量使用该技术解决装备国产化方面的问题。
3.3、表面检测技术方面的应用研究研究室
包括对各种表面形貌、表面层显微组织、表面层的晶体结构、表面层的化学成分与成分分布、表面原子态与表面电子态；涂层与基体表面结合力；涂层硬度；涂层层数和涂层摩擦系数等的分析。
4、工程部
负责与PVD相关设备、涂层工艺的实施、装备的设计、安装、调试，分设计室、施工室和采购室。
5、学术交流培训部
负责开展多种形式的国际、国内合作与交流，与高校、科研院所和企业等单位开展技术交流与研讨；对企业行业人员进行专业技能培训。采取开放式运行模式，吸收国内外大专院校及科研单位优秀人才，携带科技成果到中心开展工作，进行成果转化。
6、对外技术服务部
向社会开放有关仪器、设备及成套试验装备，受理网站上企业的需求，负责与技术研发部和企业的协调，网站维护。
